В ходе этого и последующих периодов реформирования были приняты дополнительные меры по сохранности имущества железнодорожного транспорта и соблюдению установленного порядка совершения сделок с ним.
Целью второго этапа реформирования отрасли (2002 - 2004 годы) стало выделение из акционерного общества “НК “КТЖ” его дочерних структур - акционерных компаний по таким направлениям бизнеса, которыми могут заниматься и другие предприятия. Иными словами, обеспечиваются условия для возникновения реальной конкурентной среды.
В первую очередь из АО “НК”КТЖ” выделены компании, занимающиеся пригородными пассажирскими перевозками, пассажирскими перевозками дальнего следования, ремонтом технических средств и производством запасных частей, транзитными, рефрижераторными перевозками и т.д. Сфера деятельности ремонтных предприятий открыта для частных акционеров.
В собственности АО “НК “КТЖ” остается вся производственная инфраструктура - пути, энергетика, связь, диспетчерское руководство, управление эксплуатационным комплексом и т.п.
Одним из радикальных преобразований явилось, то что все предприятия обеспечивающей и перевозочной деятельности стали самостоятельными юридическими лицами и были выведены из структуры АО “Национальная компания "Қазақстан темір жолы"”. В организационной структуре АО "НК "КТЖ" образованы Дирекция магистральной сети, деятельность которой заключается в эксплуатации и содержании магистральной железнодорожной сети, и Дирекция перевозок, выполняющая функции управления и организации перевозочного процесса.
Цель третьего этапа реформы (2005 – настоящее время) - развитие конкурентного рынка железнодорожных перевозок, т.е.:
- формирование конкурентной среды в предоставлении услуг локомотивной тяги, выделение локомотивных депо из состава железных дорог;
- доведение доли парка грузовых вагонов, принадлежащей частным операторам, не менее чем до 60 %;
- развитие конкуренции в сфере грузовых перевозок;
- развитие конкуренции в сфере дальних пассажирских перевозок;
- продажа лицензий на осуществление пассажирских перевозок в пригородном сообщении;
- оценка возможности создания нескольких конкурирующих между собой вертикально интегрированных железнодорожных компаний;
- продажа акций компаний, осуществляющих ремонт и техническое обслуживание в сфере железнодорожного транспорта, частным инвесторам.
АО “Национальная компания "Қазақстан темір жолы"” сосредоточено на оказании естественно-монопольных услуг, технологически связанных с услугами магистральной сети, и обязано обеспечивать недискриминационный доступ к услугам сети всем независимым перевозчикам, что связано с стремлением обеспечения равных условий пользования железнодорожной сетью.
В свою очередь акционерное общество "Локомотив"создано для оказания услуг локомотивной тяги всем перевозчикам, а создание АО "Казжелдортранс" обусловлено необходимостью содержания парка грузовых вагонов и выполнения функций Национального перевозчика на базе оптимального государственного вагонного парка.
Целью организации АО "Центр транспортного сервиса" явилось создание конкуренции в перевозочной деятельности, предполагается создание альтернативного перевозчика с передачей ему избыточного парка вагонов и локомотивов.
Стремление создания товарищества с ограниченной ответственностью и акционерные общества, с дальнейшей реализацией долей участия и пакетов акций обусловлено необходимостью дальнейшего развития конкуренции в ремонте подвижного состава и пути на базе локомотиво- и вагоноремонтных депо, а также предприятий, специализирующихся на ремонте пути.
Вышеописанные мероприятия наряду с разработкой и принятием необходимых нормативных правовых актов, безусловно создадут предпосылки для возникновения конкуренции в осуществлении грузовых перевозок.
В ходе реализации третьего этапа модернизации и совершенствования производственного процесса, внедрение новых технологий в той или иной степени влекут за собой сокращение численности работников. Поэтому в процессе реформирования должно предусматриваться:
- предварительная переподготовка высвобождаемых работников, их обучение новым или смежным профессиям;
- перемещение на другие рабочие места внутри отрасли;
- сохранение в течение длительного времени за высвобождаемыми работниками и членами их семей социальных льгот.
Реформирование отрасли предусматривает и разработку корпоративной социальной политики. Здесь акцент делается на медицинском обслуживании, что вытекает из специфики труда на железной дороге. Здоровье работников - залог всех успехов отрасли. Поэтому предусматривается сохранение в системе железнодорожного транспорта учреждений здравоохранения, оказывающих квалифицированную специализированную помощь работникам отрасли, членам их семей, пенсионерам.
Вместе с тем, следует отметить, что все предпринимаемые меры по реформированию прямо или косвенно отражаются на осуществлении международных перевозок. В частности в самом начале реформ превалирование государственного вмешательства в данную сферу для решения социальных задач значительно уменьшило объём железнодорожных перевозок, в том числе и международных, в транспортных услугах. Учитывая отсутствие навыков принятия управленческих решений, привитое годами работы железных дорог Казахстана в структуре МПС СССР, нескоординированность функций планирования и регулировки вагонопотока межу тремя дорогами, а также железными дорогами соседних стран привели к нерациональному использованию подвижного состава, увеличив себестоимость перевозок почти на 50% [40]. Доходы железных дорог зависели не от объемов перевозок, а от уровня тарифов, более того, существовавшая в то время тарифная система была основана на обязательном перераспределении дохода между участвовавшими в перевозке железными дорогами. Тем самым железные дороги находились в неравных условиях и имели разные возможности по обеспечению безубыточной работы. Так Западно-Казахстанская железная дорога, в силу своего географического положения являясь транзитной дорогой, имела наибольшие доходы.